侵入植物体内的微生物一般都能够造成植物的病害，比如真菌性病害、细菌性病害和病毒病等。但有这样一类微生物，它们进入植物体内后反而能使植物生长的更好，它们就好像是好伙伴一样，互惠共生地生存着。
根瘤菌和豆科植物的共生关系就是一个典型的微生物植物互利共生的例子。根瘤菌存在于土壤中，与豆科植物之间有一定的寄主特异性。我们知道氮是植物重要的营养元素，空气中存在有大量的氮，但一般植物都是无法直接利用的，根瘤菌自身也无法固定空气中的氮，而当根瘤菌侵入到豆科植物的根系上共生时就能够把空气中的分子态氮转变为植物可以利用的铵态氮。它们的这种关系是两个物种更好生存的一种互惠关系。寄主植物为根瘤菌提供了良好的寄宿环境（在植物根系间而不是土壤中）、碳源和能源及其他必需营养，而根瘤菌能为宿主提供生长大量需要的氮素营养。
大自然这种生物间互利共生的关系还有很多，互利共生能够增加生物生存的竞争力，在自然界优胜劣汰的自然法则下，这些生物才更有竞争优势。
